ПОИСК Статьи Рисунки Таблицы Разделение продуктов терминирующих реакций в автоматическом секвенировании ДНК из "Секвенирование ДНК" Таким образом, применение праймеров с усиленной флуоресценцией за счет передачи энергии от одного красителя к другому позволило заметно увеличить чувствительность метода секвенирования ДНК. В случаях ограниченного количества исходной ДНК становилось неизбежным циклическое секвенирование и при этом оказалось достаточно 6 циклов, а для секвенирования всего 10 нг матрицы потребовалось только 15 циклов [Ju et al., 1995а]. Сообщается и об успешном секвенировании вместо обычных 2 мкг всего 0,25 мкг матрицы, для чего с обычными праймерами потребовалось бы уже циклическое секвенирование [Ju et al., 1995b]. [c.318] У российских ученых некоторая надежда на появление отечественного автоматического секвенатора ДНК возникла после объявленного в конце октября 1998 г. тендера по межведомственной научно-технической программе Научное приборостроение , где в качестве одного из заданий указана разработка и изготовление прибора для смквенирова-ния5 и анализа ДНК, причем оговоренный срок исполнения заказа составляет не более двух лет. [c.322] Постоянно продолжается работа над усовершенствованием систем для автоматического секвенирования ДНК. Так, недавно предложено использование оптоволоконной техники для подачи возбуждающего луча лазера и сбора сигналов флуоресценции, что позволило исключить применение многочисленных зеркал и линз, требующих весьма частой настройки, причем всей системы сразу [Trost, Guttman, 1998]. В случае же использования оптических волокон настройка каждой части может осуществляться независимо. Более того, в своей статье авторы сообщают, что используемые ими около 6 мес подобные системы не потребовали в этот период какой-либо дополнительной регулировки. [c.322] Секвенирование ДНК с использованием четырех различных флуоресцентных красителей используется чрезвычайно широко и целая серия статей была посвящена особенностям регистрации их свечения и некоторой коррекции получаемых данных, имеющих целью повысить эффективность и достоверность секвенирования [Yin et al., 1996 Huang et al., 1997, 1998]. В работе других авторов описана многофункциональная компьютерная программа, рассчитанная в том числе на сбор первичной информации при секвенировании ДНК в системе с четырьмя красителями и ее дальнейшую обработку [Wendl et al., 1998]. [c.326] Некоторую опасность потери информации о секвенируемой матрице ДНК представляет возможный сбой в работе компьютера непосредственно в момент секвенирования. Поскольку при автоматическом флуоресцентном секвенировании занесение предварительных данных в компьютер происходит одновременно с разделением, такой сбой может привести к утере значительной части данных. Для спасения такой информации была разработана специальная программа, восстанавливающая потерянные данные при секвенировании ДНК с помощью секвенаторов моделей 373 и 377 [O Brien et al., 1997]. Причем авторы сообщают о возможности бесплатного предоставления этой программы, написанной для компьютера Макинтош. [c.326] Интересный способ чтения последовательности нуклеотидов после завершения капиллярного электрофореза был предложен в статье Кима и соавт. [Kim et ai., 1996]. Так, проведенное ими последовательное сканирование капилляра содержащимися в нем флуоресцентно меченными фрагментами ДНК с помощью специального сканера со скоростью около 8 см/с при разных длинах волн возбуждения лазером позволило детектировать до 200 нуклеотидов плазмидной ДНК. [c.329] Вернуться к основной статье