ПОИСК Статьи Рисунки Таблицы Конформации дипептидных фрагментов в белках из "Конфирмации органических молекул" Таким образом, конформационная карта метиламида N-ацетилаланина превосходно объясняет распределение точек (ф, tjj) в глобулярных белках. Однако конформационный анализ таких малых фрагментов, как дипептиды, полезен для объяснения конформаций пептидных звеньев в белках, но явно недостаточен для их предсказания. Теперь мы обратим внимание на те соображения и конформационные расчеты, которые могут быть положены в основу предсказаний. [c.388] Уже давно высказывалось мнение, что первичная структура белка — аминокислотный состав — определяет его пространственную структуру 1116, 117]. Поскольку за последнее десятилетие структура пяти белков — гемоглобина [1181, миоглобина [ПО, 1111, лизоцима [112, 113], а-химотрипсина [119] и рибонуклеазы А [120] — стала известна детально, а еще для нескольких белков рентгеноструктурный анализ дал достаточное разрешение для того, чтобы увидеть основные черты вторичной и третичной структур, многие исследователи пытаются найти корреляцию между аминокислотным кодом (составом и последовательностью аминокислотных остатков) и конформационным кодом (пространственной структурой). [c.388] Поиски корреляций связаны с тем обстоятельством, что полное предсказание пространственной структуры белка по его аминокислотной последовательности сопряжено с неопределимыми в настоящее время трудностями. Поэтому представляется полезным выявить некоторые детали пространственной структуры белка, основанные на его аминокислотном коде. Большой интерес представляет теоретическая оценка процента спиральности, а также выделение спиральных и неспиральных участков. Можно надеяться, что в будущем такой подход приведет к предсказанию конформационной структуры белков с большим содержанием а- или Р-спиральных участков. Тогда задачу предсказания структуры белка можно разбить на два этапа на первом этапе определяются спиральные и неспиральные участки, а затем подбираются такие взаимные расположения спиральных и неспиральных участков. [c.388] Для предсказания вторичной структуры естественно воспользоваться известными уже структурами белков. Зная, какие остатки входят в спиральные и неспиральные участки и обработав имеющийся структурный материал, можно получить некоторые количественные характеристики, показывающие способность отдельных остатков или их комбинаций создавать или разрушать регулярные участки вторичной структуры в дальнейшем полученные цифры можно применить для предсказания вторичной структуры других белков. [c.389] Вернуться к основной статье