ПОИСК Статьи Рисунки Таблицы Конформационная статистическая сумма молекулы Вычисление статистической суммы и теория тепловой денатурации ДНК из "Конформации макромолекул" Правило 2), как и аналогичное правило в случае полипептидной цепи, означает, что свободная энергия последовательности связанных мономерных единиц пропорциональна числу связанных единиц без учета влияния концов последовательности. которое учитывается правилами 3) и 4) и определяет кооперативность системы. Величина АН, определяющая температурную зависимость константы равновесия 5, включает в себя выигрыши энергии при замене водородных связей нуклеотид — растворитель на водородные связи нуклеотид— нуклеотид и растворитель — растворитель (ср. 23. стр. 299) и при укладывании пары связанных оснований над предыдущей парой за счет энергии их взаимодействия. С другой стороны, эта величина включает в себя проигрыш энергии за счет увеличения энергии отталкивания отрица-те 1ьг1ых Зарядов фосфатных групп ) при уменьшении расстояний между ними в результате скручивания цепей в двойную спираль. Величина Д5 включает в себя уменьшение энтропии при потере конформационных степеней свободы в паре связываемых мономерных единиц. Как показывает опыт, для всех нуклеиновых кислот з 1ачения АН и отрицательны. Отметим, что, поскольку молекулы нуклеиновых кислот практически всегда заряжены, то изменение состояния растворителя при переходе спираль — клубок (ср. 22) должно включать в себя изменение свободной энергии противоионов. В результате, константа равновесия для перехода спираль — клубок в нуклеиновых кислотах оказывается зависящей от ионной силы раствора. [c.359] . 100 ООО. .. 101 ООО. .. 110 ООО. .. 111 и т. д. (О — не связанная пара мономерных единиц. 1—связанная), получаем, выписывая только ненулевые элементы матрицы, формулу (11.12). [c.362] Что касается величин ю. .. ою. .. оо. содержащих k=l,2,. .. [c.365] Задача сводится теперь к определению корней этого уравнения. [c.366] ЧТО при Од = 0,01 и температуре, лежащей на градус ниже температуры плавления, на стыках спираль — клубок находится ОКОЛО 1%пар оснований. [c.369] Очевидно, точный профиль кривой плавления может быть определен лишь при наличии строгих выражений для величин Оу. Однако наличие критического значения 5, равного 5 , и вид части кривой в области, где заметно меньше единицы, определяются в основном значениями с большими у (так как (X) в этой области определяется главным образом членами с большими у), для которых приближение (11.11), по-видимому, является достаточно хорошим. В области, где г близко к единице, средние размеры колец становятся малыми, а формула (11.11) перестает быть количественно справедливой. Поэтому теория Зимма количественно не описывает, как указывает сам автор, профиля кривой плавления ДНК в области, близкой к области чисто спирального состояния. Напомним также, что параметр кооперативности а,,, как и в случае полипептидных цепей, не вычисляется в теории, а входит в нее в качестве эмпирического параметра. [c.369] Вернуться к основной статье