ПОИСК Статьи Рисунки Таблицы Расчет структуры поданным ЯМР из "ЯМР в медицине и биологии структура молекул, топография, спектроскопия in-vivo" В качестве альтернативного можно использовать подход, аналогичный поэтапной оценке, проводимой без применения ЭВМ. Используя этот метод, можно извлечь из двумерного спектра все основные признаки структуры, а затем перейти к более полному уровню описания (рис.3.29). При таком способе анализа структуры используется не вся информация, но расчеты при этом менее сложны и применимы к спектрам больших молекул. [c.136] В качестве следующего этапа в каждом случае можно попытаться путем соответствующего преобразования матрицы данных, полученных в результате двумерного эксперимента, по возможности уменьшить артефакты, прежде чем перейти к расшифровке спектров (рис.3.30). В приведенных спектрах, полученных по методу NOESY, присутствуют два типичных экспериментальных артефакта сигналы, расположенные слева направо вниз (зеркальное отражение нормального спектра) и/i-шумы (интенсивные вертикальные сигналы). Оба артефакта можно уменьшить путем соответствующей обработки. Одновременно уменьшится и интенсивность диагонального пика, который не содержит какой-либо полезной для проведения оценки информации, но при этом кросс-пики, находящиеся вблизи диагонали, могут перекрываться. [c.138] На следующем уровне отнесения пиков и контурных диаграмм, как правило, удается распознать и по возможности уменьшить большую часть оставшихся артефактов. При этом для надежности все-таки следует сравнивать между собой результаты, полученные на различных этапах расшифровки, и подвергать их контролю. [c.138] идентификация которого была проведена с помощью метода ЯМР в НРг-протеине E. oli и S.fae alis. Хотя в этой области значений диэдральных углов только 9 из 25 аминокислот идентичны, в обоих протеинах данные по ЯЭО характерны для структуры свернутого листа. Кроме того, эта структура представляет также интерес как пример того, когда структура молекул, находящихся в кристаллическом состоянии, принципиально отличается от структуры в растворе, определяемой по спектрам ЯМР. Структура в кристаллическом состоянии содержит два свернутых листа, которые отделены Один от другого лежащей между ними t-спиралью [3.30 ]. [c.140] Другим примером, представляющим собой иллюстрацию подобного различия структуры протеина в кристаллическом состоянии и в растворе, является металлотионин-2 - протеин, связанный с ионом металла. Конфигурация связей для ионов d, полученная поданным рентгеноструктурного анализа, существенно отличается от полученной из анализа спектров ЯМР [3.31-3.32 ]. Это не означает, что одна из двух структур определена неверно, а лишь подтверждает, что найденная кристаллическая структура отличается от структуры, преобладающей в растворе. Можно предположить, что и для других протеинов будет найдено подобное свойство. В частности, это предположение может быть справедливым для протеинов с малой массой и полипептидов, для которых внутримолекулярные взаимодействия в кристаллическом состоянии являются достаточно сильными. Следовательно, для определения структуры малых протеинов в растворе может быть использован метод ЯМР. [c.140] Число варьируемых переменных в принципе можно сократить, если исходить из стандартной геометрии и рассматривать только те диэдральные углы, которые совместимы с простыми модельными построениями. Учет меньшего числа степеней свободы позволяет применить метод для протеинов большего размера. Эффективность этого метода была показана на примере BPTI [3.39]. [c.142] Здесь Су и С2 соответствующим образом выбранные константы, г,у° -расстодаия между атомами г и /, определенные согласно данным по ЯЭО, г,у -фактическое значение расстояния между двумя атомами. Конечно, подобные псевдопотенциалы можно построить и для других величин, например, таких, как диэдральные углы, и затем ввести их в расчет. [c.143] Вернуться к основной статье